대중의 사랑을 듬뿍 받으며 진정한 영웅으로 거듭난 스파이더맨, 피터 파커(토비 맥과이어). 어느 날, 스파이더맨은 외계에서 온 수수께끼의 유기체인 심비오트(Symbiote)에 감염되고 스파이더맨은 오리지날 스파이더맨에서 블랙 슈트 스파이더맨으로 변화한다. 한층 업그레이드 되고 강력해진 파워를 얻게 된 스파이더맨은 자신의 힘에 도취되어 마음껏 세상을 즐긴다. 아버지의 복수를 위해 '뉴 고블린(제임스 프랑코)'이 된 해리와 물리 실험에 노출되어 능력을 얻게 된 피터의 삼촌을 죽인 진범 '샌드맨(토마스 헤이든 처치)'은 호시탐탐 스파이더맨을 노리는데...

한편, 피터의 삶에서도 변화의 조짐이 보인다. 직장 동료인 에디 브록(토퍼 그레이스)이 스파이더맨을